La Secretaría General es el órgano administrativo permanente de la Asociación.
Son de su competencia las siguientes acciones: ejecutar las decisiones del Consejo Ejecutivo, preparar las sesiones de las Asambleas Generales y del Consejo Ejecutivo, redactar las actas de dichas asambleas y sesiones, refrendar los actos del Consejo Ejecutivo y del Presidente de la APF, dar asistencia al Consejo Ejecutivo y a los Órganos permanentes establecidos en los Estatutos, encargarse de la correspondencia de la Asociación.
El secretario general, nombrado por el Consejo Ejecutivo, es el responsable del cumplimiento de todas las tareas de la Secretaría General y participa directamente de todas las Asambleas y de las sesiones del Consejo Ejecutivo.
Para la Federación Internacional de Fútbol Asociado (FIFA), el secretario general es el nexo inmediato con la Asociación Paraguaya de Fútbol y el encargado directo de recibir, promover y articular sus medidas y normativas.
Este órgano también cuenta con una Secretaría General Adjunta, designada por el Consejo Ejecutivo, cuyas funciones están establecidas en el Reglamento General Administrativo, en las mismas condiciones que el secretario general.
El cargo de secretario general actualmente lo desempeña el Abogado Luis Daniel Kanonnikoff Dárdano.
Datos del secretario general:
- Abogado, egresado de la Universidad Católica Nuestra Señora de la Asunción, promoción 2011.
- Magíster en Abogacía Internacional por el Instituto Superior de Derecho y Economía con sede en Madrid, España.
- Magíster en Derecho Internacional Público y Relaciones Internacionales por la Universidad Internacional Menéndez Pelayo con sede en Madrid, España.
- Magíster en Sports Management and Legal Skills por el Instituto Superior de Derecho y Economía, en conjunto con el FC Barcelona, con sede en Barcelona, España.
Además, el Secretario General tiene un recorrido importante por instituciones que conforman la APF, habiendo sido futbolista de las categorías formativas de los clubes Libertad, Cerro Porteño y Tacuary. Posterior a eso, ha tenido su paso como arquero de clubes de las divisiones de ascenso de nuestro fútbol, entre los que se destacan: Oriental, Presidente Hayes, Sportivo Iteño, Cerro Corá y Colegiales.
