El Consejo Ejecutivo es el órgano que ejecuta las políticas de la Asociación Paraguaya de Fútbol
Está integrado por quince miembros: el presidente, los tres vicepresidentes y once consejeros, tres de ellos elegidos por la Asamblea General Ordinaria y los ocho restantes representan a las divisionales y son elegidos en Asambleas parciales de éstos organismos. Cuatro de estos últimos representan a la Divisional Profesional, uno a la División Intermedia, otro a la Primera B, uno a la Divisional C y uno a la UFI. El Consejo Ejecutivo dura cuatro años en sus funciones y sus miembros pueden ser reelectos.
El organismo tiene como atribuciones adoptar las decisiones que no pertenezcan al ámbito de responsabilidad de las Asambleas o no están reservadas a otros órganos. Cumple y hace cumplir el Estatuto, admite o suspende a un miembro, prepara y convoca las Asambleas Ordinarias y Extraordinarias, dispone el Orden del día de estas, designa los presidentes, vicepresidentes y miembros de los órganos jurisdiccionales y de las comisiones permanentes.
Adicionalmente, dicta todos los reglamentos necesarios para el buen funcionamiento de la institución, decreta los ascensos y descensos de categorías, nombra al personal técnico de las selecciones nacionales, dicta, aprueba, modifica, homologa, deroga e interpreta los reglamentos y códigos de organización de la APF.
El Consejo debe reunirse cuando menos una vez al mes y tiene quórum con la presencia de ocho de sus miembros. Sus decisiones las toma por mayoría simple y en caso de igualdad de votos, el presidente tiene voto dirimente. Estas decisiones entran en vigor inmediatamente, a no ser que el órgano decida expresamente lo contrario.
Actualmente, el Consejo Ejecutivo de la Asociación Paraguaya de Fútbol está conformado por las siguientes personas:
Presidente: Lic. Robert Alexis Harrison Paleari.
Vicepresidente: Lic. Javier Díaz de Vivar.
Vicepresidente: Dr. Miguel Figueredo
Vicepresidente: Lic. Óscar Zaputovich
Miembros del Consejo
Consejero elegido en la Asamblea Gral. Ordinaria: Dr. Rubén Di Tore.
Consejero elegido en la Asamblea Gral. Ordinaria: Sr. Rubén Martín Ruiz Díaz.
Consejero elegido en la Asamblea Gral. Ordinaria: Lic. Rolando Safuán.
Consejero elegido por la Divisional de Honor: Dr. Enrique Sánchez.
Consejero elegido por la Divisional de Honor: Sr. Emilio Daher.
Consejero elegido por la Divisional de Honor: Sr. Roberto Garcete.
Consejero elegido por la Divisional de Honor: Sr. Hector Melgarejo.
Consejero elegido por la Divisional Intermedia: Lic. Atilio Cabral.
Consejero elegido por la Divisional Primera B: Dr. Óscar Barreto
Consejero elegido por la Divisional Primera C: Lic. José Luis Alder.
Consejero elegido por la UFI: Lic. Enrique Benítez.
Síndico Titular: Sr. Humberto Campuzano.
Síndico Suplente: Sr. Celso Salinas.
